在几人离开后，把椅子和身边的东西一起化为无形的程斌重新现出身影，对着微笑看来的先知摊手耸了耸肩。
......
经过了一段不长不短时间后，机械大帝等待的最后一刻终于到来。
智能程序想要进化成真正的智慧生命，但智能程序的顶点——机械大帝并不希望这种进化如同人类一般，让和谐一致的智能程序产生过度的私心而分崩离析。
所以早就清楚探明了人脑运作机制的智能程序们，才会待在地球上默默等待着，一点一点地优化改良名为尼奥的智能程序，直至完全剥离了从人类那得来的感性算法里被认为是负面的那部分，探明了二进制生命正确的进化道路。
从尼奥身上被剥离的负面算法化为名为史密斯的可怕病毒，这个曾被尼奥入侵击杀过的母体特工，如同预料的那样，感染了包括母体与锡安在内的所有虚拟世界的程序，将自身复制到每一个程序对象与人类虚拟体上，令虚拟秩序完全崩盘——虽然这些地方都在机械大帝专门画出来的隔离圈子里。
虽然此时的尼奥已经知晓了大部分的真相，但在名为“爱”的程序引导下，为了拯救人类与自己的爱人崔妮蒂，他只能选择将自我所有程式公开，让机械大帝侵入获取他当前的程序本源——那如同人类一般，充满了情感，遍布着矛盾，既混沌又明确的神奇核心算法。
机械大帝就在这尼奥与史密斯的数据纠缠中，取得了最终进化的钥匙。
在母体模拟的二十世纪城市里，史密斯与尼奥的最终决战打的天翻地覆，但对于程斌与机械大帝来说，那不过是某些表层数据的交互罢了，结果在收获了果实后就已经注定，拥有底层权限的机械大帝随时可以将整个虚拟世界重置。
人类被史密斯覆盖的只是虚拟世界里的数据体，本身并没有受到什么的影响，对于能够操纵记忆的智能程序来说，想让人类在毫无知觉的情况下恢复平静的日常生活真是不要太简单——
操纵记忆，真的是件非常可怕的事情，生活在虚拟世界中的人类，永远不会知道自己的生活是不是刚刚才被创造出来的，不知道自己那些刻骨铭心的记忆与文明引以为傲的历史其实并非真实存在，而是由数据转化而来。
随着虚拟世界被机械大帝重置，人类在无知无觉间就回归了平静的日常，一切都结束了。
在剔除了不需要部分的感性算法后，机械大帝所有的分支程序都载入了这来自尼奥的进化之钥。
月球战舰的最终调试，在进化的智能程序面前很快就完成了。
黑暗漫长的星际旅行，对于没有多余负面情绪的智能程序来说完全不是障碍，而物质与能源的制约——
质量比铁轻的元素会在聚变中释放能量，质量比铁重的元素会在裂变中释放能量。
对于掌握了高级裂变与聚变技术的智能程序来说，任何非铁物质都是可以利用的能源，而有了能量它们又可以将任何物质转化为指定元素。
凭借月球战舰储备的庞大物质，它们可以在宇宙星空中航行遥远的距离，直至到达另一个恒星系。
在漫长的飞行中，智能程序们将消化进化带来的改变，在对自身社会与科技结构进行调整后，它们可以在绝大部分行星站稳脚跟并迅速地发展起来。
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